Sebagai tonggak utama pasukan belia Itali, Mandragora melakukan penampilan sulungnya untuk pasukan bawah-21 Itali pada 12 Ogos 2015 dalam aksi persahabatan menentang Hungary. Beliau telah disenaraikan ke dalam skuad yang akan bertanding ke kejohanan Piala Dunia B-20 FIFA 2017 di Korea Selatan.[14][15]

Mandragora melakukan penampilan pertamanya bersama skuad senior semasa di bawah kendalian pengurus Roberto Mancini dalam perlawanan persahabatan menentang Perancis yang berakhir dengan kekalahan 3-1 di Nice pada 1 Jun 2018.[16][17]

Beliau juga mengambil bahagian dalam Kejohanan Eropah Bawah-21 2019 sebagai menjadi kapten pasukan.[18]